ام قصر در ابتدا فقط یک روستای کوچک با بندر ماهیگیری کوچک در استان بصره در جنوب عراق بود، اما اهمیت آن با گذشت زمان به دلیل موقعیت استراتژیک آن در چشم انداز خلیج فارس افزایش یافت.

در 26 مارچ 1961، عبدالکریم قاسم، رئیس جمهور فقید، سنگ بنای بندر ام قصر را با همراهی مدیر کل بنادر، سرلشکر مزهر الشاوی و تعدادی از مقامات ارشد آن زمان، به یکی از مهمترین بنادر عراق تا به امروز تبدیل کرد. هزینه تاسیس بندر ام قصر در آن زمان به 18 میلیون دینار عراقی رسید و در سال 1967 اولین کشتی تجاری به نام "مکران" با پرچم پاکستان در این بندر لنگر انداخت. این کشتی حاوی یک محموله بزرگ چای سیلان بود.

به دلیل وسعت زیاد و ظرفیت فعالیت، وزارت حمل و نقل عراق در سال 2010 تصمیم گرفت آن را به دو بندر تقسیم کند؛ یعنی بندر جنوبی ام قصر و بندر شمالی ام قصر.