دوران پس از حمله مغولان به عراق که تحت عنوان دوران جدید نیز از آن یاد می‌شود شامل سلطه دو سلسله عثمانی و صفویه در تاریخ این کشور است که در این نوشته به شرح وقایع این دوران می‌پردازیم.

حکومت عثمانی به‌عنوان بزرگ‌ترین و پهناورترین دولت اسلامی پس از فروپاشی عباسیان، در اواخر قرن سیزدهم میلادی توسط رهبر قبایل «اُغوز»؛ یعنی عثمان یکم در «سوگوت» بنیان‌گذاری شد.
با تحکیم قدرت دولت عثمانی در شرق آناتولی در زمان سلیمان، دهمین پادشاه عثمانی، این حکومت تهدیدی همیشگی برای تبریز و عراق، به عنوان دو منطقه مهم در حکومت صفویان، به حساب می‌آمد. صفویان تلاش می‌کردند تا در مرکز و جنوب عراق و در سرزمینی که روزگاری قلب خلافت عباسیان به‌شمار می‌آمد، مذهب تشیع را جایگزین تسنن کنند. در همان سال‌ها سلیمان با گذر از کوه‌های زاگرس، بغداد و سایر نواحی عراق را بدون مواجهه با هیچ‌گونه مقاومتی فتح کرد.
عراق تا سال‌ها بخشی از ولایات حکومت عثمانی بود. با این حال در مقاطع مختلف گاهی از سلطه حکومت عثمانی خارج شد و تحت سلطه حکومت ایران درآمد. شاه اسماعیل اول، نخستین پادشاه صفوی بود که در سال 914 ه.ق بغداد و نجف را تحت سلطه خود درآورد. در سال 1033 ه.ق و در دوران سلطنت شاه عباس صفوی، عراق مجددا به تصرف صفویان درآمد و حاکیمت صفویان بر این سرزمین تا سال 1049 ه.ق ادامه یافت. سلطان مراد چهارم که پس از برکناری عمویش، مصطفی یکم بر قلمرو عثمانی حکومت کرد، در دوره سلطنت خویش به قفقاز، آذربایجان، ایروان و تبریز لشکر کشید و صفویان را شکست داد و موفق شد در دومین نبرد با صفویان، در سال  1049هـ.ق عراق را از ایران بازپس بگیرد و بغداد و بین‌النهرین را به تصرف خود درآورد.
عهدنامه «زهاب» در همین دوره امضا شد که باعث ضمیمه قطعی عراق به حکومت عثمانی شد. به این ترتیب عراق که از جهات گوناگون برای دولت صفوی اهمیت بسیار داشت، از ایران جدا شد و به عثمانی پیوست. مرزی که در جریان این عهدنامه ترسیم شد، هنوز در میان سه کشور ایران، ترکیه و عراق برقرار است. 
عراق در یک مقطع کوتاه در دوران افشاریان نیز از سلطه دولت عثمانی خارج شد. در سال 1156 ه.ق، نادرشاه در جریان جنگ با عثمانی در بین‌النهرین دست به لشکرکشی بزرگی زد. در این سال در طول چندین جنگ، نادرشاه بغداد و بصره را به تصرف خود درآورد. سلطه نادرشاه بر بخش‌هایی از عراق تا سال 1159 ه.ق به طول انجامید.
سرزمین عراق در دوران عثمانی، شاهد تلاش‌های بسیاری برای اصلاحات بود و اولین انقلاب ضد حاکم عثمانی در سال 1247 ه.ق در بغداد رخ داد. آشفتگی حکومت و تغییر مستمر حاکمان دولت عثمانی به دلیل شورش‌ها و درگیری‌های داخلی، مانعی بزرگ در راه توسعه وپیشرفت عراق بود. این آشفتگی‌ها ادامه یافت تا اینکه عراق در سال 1336 ه.ق (1918 میلادی) به اشغال انگلیس درآمد.